Madre de Dios è la patria di foreste infinite, fiumi tortuosi e abbondante vita naturale. È una riserva di flora e fauna, nonché un rifugio per specie in via di estinzione come il lupo dalla criniera e il cervo palude.

Questa regione ospita comunità native che promuovono l’ecoturismo in una delle aree più biodiversità del mondo come il lago Sandoval, il lago di Valencia, il parco nazionale Manu, la riserva nazionale di Tambopata e il parco nazionale Bahuaja-Sonene, l’unico ecosistema di Savana bagnata tropicale in Perù.